PyiTOL 文档¶
PyiTOL 是一个基于 Python 的 iTOL (Interactive Tree of Life) 可视化全流程自动化命令行工具。
文档导航¶
| 文档 | 说明 |
|---|---|
| CLI 完整参考 | 所有命令和参数的详细说明 |
| API 使用指南 | iTOL API 交互与自动化上传导出 |
| 快速入门教程 | 从安装到出图的 10 分钟教程 |
| 分类分析教程 | 单系性检测与分类信息提取 |
| 模板生成教程 | 30+ 种 iTOL v7 模板生成指南 |
核心功能¶
PyiTOL 功能体系：
├── 树结构操作 (Tree Structure)
│ ├── 折叠分支 (Collapse Clades)
│ ├── 修剪树 (Prune Tree)
│ ├── 节点间距 (Node Spacing)
│ └── 节点标识 (Node Labels)
├── 注释配置 (Annotation)
│ ├── 标签与弹出信息 (Labels & Popup Info)
│ ├── 树颜色 (Tree Colors)
│ ├── 分支渐变 (Branch Gradients)
│ └── 彩色范围 (Colored Ranges)
├── 数据集 (Datasets)
│ ├── 二元数据 (Binary Data)
│ ├── 条形图 (Simple Bar / Multibar)
│ ├── 饼图 (Pie Chart)
│ ├── 颜色条带 (Color Strip)
│ ├── 热图 (Heatmap)
│ ├── 箱线图 (Boxplot)
│ ├── 符号标记 (Symbols)
│ ├── 蛋白结构域 (Protein Domains)
│ ├── 渐变色带 (Color Gradients)
│ ├── 外部形状 (Shape Plots)
│ ├── 文本标签 (Text Labels)
│ ├── 箭头注释 (Arrows)
│ ├── 连接线 (Connections)
│ ├── 纠缠图 (Tanglegrams)
│ ├── 折线图 (Line Charts)
│ ├── 图像嵌入 (Images)
│ ├── 序列比对 (Alignments)
│ ├── 系统发育放置 (Phylogenetic Placements)
│ ├── 时间尺度 (Timescales)
│ └── 手动注释 (Manual Annotations)
├── 分类分析 (Taxonomy Analysis)
│ ├── 分类等级识别 (Auto Ranks)
│ ├── 分类提取 (Taxonomy Extract)
│ ├── 单系性检测 (Monophyly Check)
│ ├── 美化配置 (Style Config)
│ ├── 二元数据转换 (Binary Conversion)
│ └── 连接对转换 (Connect Pairs)
├── API 交互 (API Operations)
│ ├── 上传 (Upload)
│ ├── 删除 (Delete)
│ ├── 导出 (Export)
│ └── 状态查询 (Status)
└── 工具模块 (Utilities)
├── 模板反向解析 (Template Learning)
├── 树信息统计 (Tree Info)
├── 颜色工具 (Color Tools)
├── 计数数据建树 (Count to Tree)
└── 注释列分组 (Column Grouping)
安装¶
依赖：Python 3.10+, typer, pandas, dendropy, numpy, requests, pydantic, PyYAML, rich, scipy